江门边防检查站前身为“拱北边防检查站江门分站”；1984年11月，江门边防检查站正式宣布成立，正团编制，内设办、政、后三大机关；下辖三埠分站(副团级，现开平边检站)，隶属武警广东总队领导。1986年6月，经上级批准，在阳江、恩平等6个货运口岸设立边防检查工作组；1988年10月，鹤山至香港通航，江门边防检查站鹤山分站成立；1993年9月，新会至香港通航，江门边防检查站负责筹建新会边防检查站，并代管新会边防检查站；1994年12月、1995年6月，三埠、新会边防检查站先后升格为正团级检查站，从江门边检站分离。
江门边防检查站现属正团职、二类边防检查站，隶属于广东省公安边防总队，内设司令部、政治处、后勤处三部门，下辖鹤山分站（副团级）；现担负江门港、鹤山港两个一类口岸及外海、高沙、荷塘、鹤山、恩平五个二类口岸的出入境边防检查任务。年均验放出入境人员达30万人次，往来港澳小型船舶约1万艘次。
一直以来，江门边防检查站始终坚持以服务为中心，不断深化勤务改革，改善通关环境，全心助力江门成为广东改革发展的“开放之门”，全意服务广大出入境对象安全顺畅通关，全力构筑维护国家安全和社会稳定的坚实屏障，树立了“中国边检·阳光国门”形象，擦亮了“侨乡边检·贴心服务”品牌，赢得了广泛赞誉